一、权利法定原则

知识产权是法律设定的一种权利，因此，医药知识产权管理必须按照法律规定进行，否则，企业的智力劳动成果就难以得到法律保护，甚至白白为他人“做嫁衣”。据统计资料显示，我国赶超世界先进技术水平的“863计划”实施10年来，共鉴定成果1200项，发表论文两万多篇，但申请专利的只有240多件。这些重大科技成果通过发表论文的方式无偿向社会公开，导致国家投资的大量成果无法得到应有的法律保护，实在令人扼腕！

二、尊重客观规律原则

知识产权的不同客体具有不同的特征，如商标标识和专利技术方案在产生、运营方面显然是不同的。医药企业在制定知识产权管理制度时，应当尊重不同知识产权客体应有的客观规律，针对不同客体制定符合其规律的制度，这样才能有的放矢，具有实际操作性。

三、系统性原则

知识产权管理是企业管理的一部分，进行知识产权管理必须要和企业的总体目标和其他管理有机结合，做到“一盘棋”式的考虑。知识产权的优化配置是提高知识产权经营效益的重要保证。在知识产权管理过程中，要运用系统方法，以最优的方案和办法处理因知识产权而发生的各种关系和问题。只有这样，才能使知识产权得到充分合理的使用，取得良好的综合效益。

四、利益整合原则

企业知识产权管理涉及各方面的利益，既有经济利益，又有社会利益；既有短期利益，又有长期利益。而知识产权管理正是用知识产权这个工具，将各方面的利益整合起来，最终为企业的生存与可持续发展，提高竞争能力服务。